但是，目前中国替代能源发展不足，体制机制存在发展障碍，其中煤制油、煤制气等煤化工产业以大量耗煤为生产基础，这一过程会带来环境污染，同时也需要水资源保障。中国煤矿资源和水资源逆向分布，煤化工项目多建设在新疆、内蒙古、山西等缺水突出的地区，也给水资源带来污染隐患。电动汽车近年来在中国取得了很大的发展，但仍面临成本偏高、基础设施建设不匹配、行业部门缺乏协调等问题。发展轨道交通是石油替代的重要方面，但投资大，施工难度也较大。清洁能源发展可以同时保障能源安全、应对气候平均状态随时间的变化和减少环境污染，但其目前由于量小，很难有较大的影响,且其发展过程中还存在着较大的障碍，一是存在省间壁垒，即缺乏跨省跨区消纳政策和机制；二是电源与电网之间发展不协调。
三是替代能源发展不足，体制机制障碍突出。为了缓解能源安全问题，政府重点促进石油和天然气资源的替代，并支持开发替代能源。煤制油、煤制气等煤化工可以有效利用煤炭资源替代油气，而电动汽车被认为是替代石油需求的低碳环保技术方法。发展轨道交通和清洁能源也能够大大减少中国的石油消耗，由此减少油气对外的依赖。上述能源替代可以在某些特定的程度上降低中国的能源安全风险。
此外，如果未来风电和光伏在总用电量中的比重大幅度的提高，那么煤炭与其他清洁能源在更大范围内的有效互补也可能是煤炭清洁发展需要仔细考虑的一个方面。由于我国大型火电机组先进且数量庞大，目前运行年限较短，火电将被长期锁定，碳捕集利用也需要政策支持和持续推进。最后，我国电动汽车产业高质量发展迫切地需要建立政府部门协调机制，创新激励机制和补贴机制，加快整体充电基础设施建设。
首先是中国能源需求持续增长，能源安全结构性矛盾突出。从中国能源需求来看，仍然处于持续增长态势。根据国家统计局统计数据，2018年全国能源消费总量46.4亿吨标准煤，同比增长3.3%。另一方面，中国能源生产总体上虽然有所上升，但是，消费结构上存在比较大安全问题。2018年中国能源消费比重中煤炭占59.0%，不利于低碳清洁发展。石油和天然气占比分别为18.9%和7.8%，虽然比重较小，但是对外依存度持续走高。中国在继2017年超过美国成为最大石油进口国后，2018年又超过日本成为最大天然气进口国。
这是因为目前中国的低碳清洁转型战略需要兼顾能源成本和能源安全，否则在实践中很难兑现。煤Βιβλιοθήκη Baidu的清洁利用受到高成本和碳排放的制约，需要从技术和整体能源系统安全和效率的角度决定政府的政策取向。一般来说，煤炭的清洁利用包括整个产业链的清洁和效率提升，而煤制气和煤制油的基本立足点是转移环境污染、降低污染成本和保障能源安全。政府需要从这些角度进行行业规划。
目前化石能源占能源总消费的85%以上，如何保障国家能源安全同时兼顾低碳发展是一个两难的选择。一个有效的能源系统应该为所有人提供可持续、安全、成本可接受和可获得的能源。政府使用能源价格和能源补贴来平衡这些发展目标。虽然不同经济发展阶段具有不一样的发展特征和能源发展目标，但是，能源政策目标需要平衡，这在某种程度上预示着中长期中国能源发展路径还将会是两条腿走路：煤炭的清洁发展和支持新能源快速增长。
主要有四条航线：第一条为中东航线。由中东经过霍尔木兹海峡和马六甲海峡，承担了近一半的中国石油进口运输量。第二条为非洲航线，从非洲经马六甲海峡至中国沿海港口。第三条为拉丁美洲航线和第四条东南亚航线，都经马六甲海峡到中国沿海港口。这样，中国石油有70%~80%进口量需要经过霍尔木兹海峡和马六甲海峡，若发生战事或被经济封锁，除了海峡容易受到控制，海上运输风险也较大。因此，集中的石油运输通道是当前中国能源安全的重大挑战。
二是进口渠道集中度高，风险评估和安全性不足。虽然中国油气进口来源多元化，但仍集中在中东等少数地理政治学不稳定地区。目前，中国石油进口大多数来源于俄罗斯、安哥拉、沙特阿拉伯、伊拉克、阿曼、伊朗等国。从客源国的地域分布来看，大多分布在在北非、中东和亚太地区。从进口量来看，中国进口的主要来源地集中在中东地区。中国油气进口通道集中，大部分海上运输路线都要经过马六甲海峡。