以2005年香山生物质能源论坛为起点，以2006年“十一五”国家科技支撑计划“农林生物质工程”等众多科技计划的实施为标志，我国生物质能源研究与产业化全面展开。然而2006年粮食乙醇过热，直接影响了我国粮食安全，导致国家直接干预粮食燃料乙醇的发展，取而代之的是鼓励发展非粮燃料乙醇。近年新建的众多生物柴油企业面临原料瓶颈，不少企业纷纷倒闭。近期国际原油价格大大下跌，更使生物质能源产业雪上加霜。上述现象的产生，不仅未能达到替代能源的目的，反而浪费能源，造成了经济损失。
之所以会出现这一些状况，主要是我们对生物质能源产业的复杂性和发展规律认识不清。现代生物质能源产业几乎涉及所有行业、所有领域，是一项前所未有的系统工程。要想完全认识这一新的行业，还需要时日。
粮食安全 发展生物质能源对我国粮食安全具备极其重大影响，粮食安全底线不能碰，但对底线的理解尚有偏差。咱们不可以否认发展生物质能源产业与粮食生产是一对矛盾，特别是对于中国这个资源相对短缺的国家。因为生物质能源、产品与粮食同源，均利用土地，通过光合作用生产，但这并意味着这对矛盾不可调和，相反它是可通过的。历史已经证明，片面强调粮食安全常常造成粮食歉收，鼓励发展粮食生产，粮食丰收“谷贱伤农”的恶性循环，传统“缸中有粮，心里不慌”的简单思维观念需要改变。从系统学的角度讲，简单系统不如复合系统稳定，粮食生产与生物质产业可以构成复合系统，二者发展应统筹考虑。
我国土地资源相对短缺，粮食安全问题始终是头等大事，任意发展生物燃料必然影响我国粮食安全。因此，国家相关部门已经制定政策，鼓励利用非粮或废弃物生产生物燃料。然而，无论是粮食、非粮，还是农林废弃物，所有生物质同源，怎么样才可以实际做到在保障粮食安全、生态安全的前提下发展生物质能源，对我们国家社会、经济的可持续发展是一项严峻挑战。高度计划下有限发展生物质能源有利于提高粮食安全水平。在目前生物质技术的发展水平下，如果将粮食生产、储备与发展生物质能源作为一个系统来统筹的话，在政府的高度计划下，适度发展生物质能源有利于挖掘粮食生产潜力和提高粮食的可获得性，来提升了粮食安全性。但是，市场的力量是不可忽视的，如果脱离了政府的控制任由市场发展，则可能对粮食安全带来非常大隐患，危及社会安定。
大力发展基于纤维素的二代生物质能源技术将非常大程度上减轻对粮食安全的威胁，但二代生物燃料的技术突破尚需时日。即使在突破之后，在市场经济下，只要价格合适，规模化加工生物燃料的生产线除了树木、秸秆等纤维质原料外，同样还可能吸收许多种粮食，就会演变成直接拿粮食去转化生物能源，因为淀粉和糖毕竟比纤维素更容易转化。在农产品总量受耕地面积限制的情况下，这会引发一系列经济和社会问题。
“非粮”提法 国家可再次生产的能源发展“十一五”规划中明确，今后主要鼓励以甜高粱茎秆、薯类作物等非粮生物质为原料的燃料乙醇生产。利用互联网搜索，可发现大量甘薯、木薯等非粮燃料乙醇项目，但原来的甘薯或者木薯是用来生产淀粉、粉条或者食用酒精，也就是说已经存在于原有的经济链或者食物链上。如果将这部分原料大量地用来生产燃料乙醇，必将导致市场失衡，或导致食物链失衡，实际上也威胁了粮食安全。因此，如果认识不到这一点，还有可能出现与“粮食燃料乙醇”同样的结局。
产业复杂 生物质能源产业的复杂性，令任何重大生物质能源项目都需要充分论证，只考虑部分因素将可能会引起失败。首先是生物质能源本身的复杂性。生物质能源产业是一个前所未有的庞大系统工程，该产业涉及农林作物、能源植物种植，生物质收集、运输、预处理，工业加工转化，生物精炼等部分，几乎涉及所有部门。其次，生物质产业本身的复杂性还体现在原料的多样性、发展的地域性、生物质能利用途径的多样性、每种利用途径的阶段性。根据本地生产实际，选择优势生物质作物种类，可持续性地供应原料是生物质产业的基础；选用符合实际的工业转化技术是促进生物质产业健康发展的手段；按照系统论原则，通过分工合作，加强有关技术的科技攻关是抢占未来生物质产业国际市场的根本保障。只有资源而没有技术，只能受制于人。
方式体制 发展生物质能源产业需要有正确的思维方法和管理体制。首先是思维方法和认识问题。固有的简单、对立性、竞争性的思维方法需要升华为综合性的和谐思维方法。对生物质产业需要从自然、人类社会持续健康发展规律、我国国情、世界未来等多角度来认识。其次是管理体制组织问题。与以往行业不同，生物质产业是跨部门、跨行业的新型行业，因此强有力的管理组织至关重要，建立以农业部门为主体的多部门参与的综合管理体制势在必行。
就整个生物质能源产业有关技术而言，目前处于发展的初级阶段，各种技术尚处于相对独立，未得到一定效果的整合，许多关键技术和技术集成均有待突破。但目前亟须解决的问题是通过科学技术创新和扩大生产，为现有较为成熟的技术系统如燃料乙醇系统等提供充足的生物质原料；组织各方面研究力量突破秸秆纤维燃料乙醇关键技术，推动纤维燃料乙醇市场化进程；加强生物炼制技术的研究积累，以期最终实现生物炼制替代石油炼制。
抓住机遇 迎接挑战 生物质产业的发展对我国是一个难得的历史机遇，将对我们国家社会、经济的持续发展产生非常非常重要的影响，因此，必须紧抓不放。
加强储备 动态监控 即增加粮食储备规模，适时掌握粮食市场与粮食储备动态。储备粮制度对保障我国粮食安全是一项很重要的举措，面对生物质能源产业高质量发展的新形势，要进一步扩大储备数量，并实施严格监管。
高度计划 有限竞争 即对于产业的发展要发挥政府和市场的双重作用，在高度计划下，实施有限的市场之间的竞争。我国自然资源相对贫乏与市场潜力巨大的矛盾决定了在我国生物质能源产业高质量发展中，政府必须发挥主导作用，实施高度计划，有条件地发挥市场的作用，实行有限度的竞争，否则，将造成更大的资源浪费，甚至危害粮食安全和国家稳定。建议尽快制定符合中国国情的生物质能源长远发展规划（包括区域发展布局、产业支持政策、科技发展的策略等）。利用现代科技，对相关产业进行严格监控。
加速创新 稳妥发展 即在技术上要加速赶超世界领先水平，在产业高质量发展上要积极稳妥。生物质技术将在未来社会、经济的持续发展中发挥无法替代的作用，因此成为发达国家竞相追逐的热点。生物质技术是一项综合技术，类似空间技术，只有采取比较有效的组织方式才能适应未来发展需要。建议在研发技术上，集中财力、物力、人力，进行科技攻关，抢占生物质技术制高点。按照系统工程原理，以应用技术突破为导向，打造全新科研模式。统一规划，工艺中试、应用研究、基础研究紧密衔接、环环相扣。生物质能源产业要在保障粮食安全、生态安全和社会和谐的前提下，积极、稳妥地发展，先示范，再推广。
立足国内 放眼全球 即在技术上立足国内，资源上放眼全球。我国资源难以满足未来发展需要，需要在平等互利的原则下，有效利用其他几个国家的资源。但前提是我们应该有着先进的生物质技术，利用技术换资源。建议尽早着手长期进口生物燃料的战略布局，在非洲、南美洲建立长期稳定的合作伙伴关系。